Образование получил на юридическом факультете Томского университета, который окончил в 1912 году. C 1913 по 1917 годы работал присяжным поверенным в Якутске. В 1920–23 гг. сотрудник Иркутского государственного университета. Здесь он увлекается делом всей своей жизни. Собирая материалы для своих исследований, он предпринял ряд экспедиций. В 1921 году он работает в центральных районах Якутии. В 1923–1924 сфера его интересов — низовья Лены и Олекмы. Годом позже он отправляется по удивительному маршруту Якутск — Западно-Кангаласский улус –Вилюйский округ – Чона – Ербогачён – Нижняя Тунгуска – Красноярск – Хакасия — Западная Бурятия..
Собранный в экспедициях материал послужил основой для ряда работ по фольклору, этнографии и истории. Основной идеей Ксенофонтова было убеждение в том, что народная память в виде устных преданий хранит сведения о реальных исторических событиях и, следовательно, можно попытаться восстановить эту историю путем тщательного сопоставительного анализа записей устных преданий. Частично это подтверждается тем, что сравнительно недавние предания находят своё подтверждение в российских письменных источниках.
В 1930‑е годы Гавриил Васильевич работает научным сотрудником НИИ языка и культуры при СНК Якутской АССР. Здесь исследователь подготовил две большие работы: «Эллэйада» и «Ураангхай-сахалар».
(хэдлайн) Обращаясь к рукописному наследию Г. Ксенофонтова, не перестаешь удивляться его смелым выводам, не потерявшим своей актуальности и сегодня. При этом одним из главных критериев ученого для Гавриила Васильевича был научный профессионализм.
Сравнивая исторические легенды и предания якутов с архивными документами XII — XVIII вв., хранившимися в сибирских архивах, Г. В. Ксенофонтов показал, что, несмотря на три столетия, устная память народа с удивительной полнотой и точностью донесла до нашего времени не только общие черты, но и различные мелкие подробности событий, происходящих в то далекое время, не говоря уже об именах действующих лиц. Имена эти, часто сильно искаженные в передаче русских приказных писцов, звучали здесь в своем подлинном и настоящем виде. Таким образом, письменные источники XVII — XVIII вв. и фольклорные свидетельства взаимно дополняют и контролируют друг друга.
В «Эллэйаде» Гавриил Ксенофонтов руководствовался мыслью о том, что древние мифы о предках рассказывают не о мифических героях и богатырях, а о жизни и переживаниях целого народа, о его исторических судьбах. Именно так рассматривал он прежде всего начальную сагу якутского народа, простодушный и наивный рассказ о прародителе якутского народа: божественном герое Эллэйе и о его противнике Омогое. «Бегство Эллэя, о котором рассказывали легенды, было связано с этой точки зрения с бегством не одиночки героя, изгоя, а переселение целого народа с юга на север, под давлением враждебных племен, — говорит доктор исторических наук Екатерина Романова. — Такими же рассказами о переселении предков якутов были, по его мнению, те легенды, в которых говорилось о приходе Омогоя и его сородичей на среднюю Лену»…
Событием в историографии саха является выход монографии Гавриила Васильевича Ксенофонтова «Ураанхай сахалар» в 1937 году. Его работа посвящена древней истории якутов. В отличие от других исследователей он утверждал, что якуты — народ смешанного
происхождения. Доказывал, что освоение нынешней территории предками саха происходило в три этапа:
1) «Ранние якуты», якуты — оленеводы (оленеводческий народ — уранхайцы),
принесшие технику обработки железа и якутский язык, появились на Вилюе в конце I
века н. э., в эпоху великого переселения народов;
2) Начинается в VII–VIII вв., когда из Приангарья через Нюю, Олекму и Сунтар переселились на Вилюй скотоводы — курыканы. Вытеснив «ранних якутов» на Север, они
заняли всю территорию Вилюя. В последствии, некоторая часть из них переселились на Среднюю Лену.
3) Охватывает VIII — XII вв. В это время переселяется основная масса древнетюркского (уйгурского) происхождения — якутов — саха. Они являлись предками саха нынешних Центральных улусов Якутии. От смешения этих групп друг с другом на территории Якутии и образовался современный якутский народ.
В 1937 году Гавриил Васильевич переехал в г. Дмитров, где заканчивал 2‑й том «Ураангхай-сахалар». Но довести начатое до конца ему не удалось. 22 апреля 1938 г. его арестовали в Москве по «якутскому делу» вместе сПлатоном Ойунским. 28 августа 1938 приговорен к высшей мере наказания за шпионаж и в тот же день расстрелян.
Так закончился жизненный путь одного из выдающихся представителей народа саха.