Благодаря радикальной идее этого выдающегося человека о государственной монополизации управления охраной природы и природопользованием руководимое им министерство стало единым природоохранным органом исполнительной власти, осуществляющим государственное управление и координацию в сфере охраны окружающей среды, обеспечение экологической безопасности и сохранение биологического разнообразия, а также государственный экологический контроль и государственную экологическую экспертизу.
Плодотворная природоохранная деятельность В. Г. Алексеева получила новые возможности, новое ускорение и творческий простор. На I Республиканском съезде охраны природы Якутии в апреле 1995 года президентом республики М. Е. Николаевым была представлена Концепция новой государственной экологической политики, основанной на приоритете прав, ценностей человека и живой природы, на экологической обусловленности социально-экономического развития Якутии в режиме устойчивости и надежности. В марте 1996 г. на годичном совещании Министерства охраны природы провозглашена Государственная экологическая политика РС(Я) на переходный период.
Призывы Василия Гаврильевича перед мировым сообществом о сохранении живой природы для будущих поколений были восприняты как руководство к действию и стали основным приоритетом государственной власти и общественной жизни республики. Созданная в республике сеть особо охраняемых природных территорий стала жемчужиной в мировом ожерелье заповедных земель.
Неоценима заслуга В. Г. Алексеева и в развитии международного сотрудничества, т. к. для обеспечения экологической безопасности в первую очередь необходим мировой опыт охраны природы. Благодаря его умелому руководству и дипломатическим способностям было установлено сотрудничество с такими международными организациями, как Арктический совет, ЮНЕСКО, Международный Фонд дикой природы (WWF), Международный союз охраны природы (IUCN), Международный фонд журавлей, Северный Форум и многими другими. С привлечением средств WWF построена международная биостанция «Лена-Норденшельд». 23 июня 1995 года станцию торжественно открыл Президент WWF Его Величество принц Филипп, герцог Эдинбургский. При содействии германского отделения WWF созданы ресурсные резерваты «Лена-дельта» и «Кыталык» («Стерх»).
Претворяя в жизнь Концепцию новой государственной экологической политики и в целях совершенствования государственного управления в сфере охраны природы и использования ресурсов растительного и животного мира, сохранения и восстановления среды обитания организмов в октябре 1995 года по инициативе Василия Гаврильевича при Министерстве охраны природы организован Департамент биологических ресурсов. В кратчайший срок была разработана Программа реализации ГЭП в области обогащения биоразнообразия флоры и фауны до 2001 г. и утверждена 7 мая 1996 года указом Президента РС(Я). Только научное руководство программой и практические советы Василия Гаврильевича помогли успешно преодолевать все преграды, и программа имеет долговременную перспективность, комплексность. Нынешнее поколение якутян стало свидетелем исторических событий: на территорию республики переселены овцебыки, завезены лесные бизоны, стабилизирована численность стерхов, продолжается работа по воспроизводству водных биологических ресурсов.
Становление первого в Якутии самого северного в мире зоопарка «Орто Дойду» неразрывно связано с именем В. Г. Алексеева. Он поддержал идею первого президента М. Е. Николаева о создании зоопарка, дал шанс молодым специалистам проявить себя в этой новой для республики области. Это был очень мудрый и дальновидный шаг с его стороны, наперекор множеству мнений, которые сводились к неуместности содержания живых экологических коллекций в суровых условиях Якутии. Когда современные зоопарки мира стали выполнять природоохранные функции вместо устаревших развлекательных, зоопарк «Орто Дойду», единственный в России, входящий в структуру природоохранного органа и специализирующийся на оказании помощи и защите диких животных, стал одним из любимых мест отдыха жителей и гостей республики.