Исторический путь главного научного учреждения республики начался в 1993 году, когда был принят Указ Президента Республики Саха (Якутия) М. Е. Николаева. Академия наук учреждена в качестве высшей научной организации Республики Саха (Якутия) для интеграции научного потенциала в проведении фундаментальных и прикладных исследований, осуществления региональной политики в области естественных, технических и гуманитарных наук, усиления роли науки в воспитании новых поколений.