Благодаря деятельности Василия Алексеева в настоящее время под особой охраной государства находятся около 30% территории Якутии. До 1991 года в заповедном режиме состояло лишь 2,2% территории республики. 
При его активном участии установлено сотрудничество с многими международными организациями природоохранного профиля. В годы его работы на посту министра охраны природы на государственном уровне начали решаться вопросы по изучению состояния окружающей среды и ущерба, причиненного объектами горнодобывающих отраслей и энергетики, проводились радиоэкологические исследования последствий подземных ядерных взрывов, международные исследования генофонда растений, животных и населения Якутии.
Василий Алексеев уделял особое внимание формированию экологической культуры населения, поддерживал развитие общественного экологического движения.
Именно он стал инициатором создания и основателем Республиканского зоопарка «Орто Дойду», который сегодня известен далеко за пределами региона.