За это время были открыты и исследованы новые археологические памятники на территории Центральной группы районов (в основном на правобережной части Лены), в низовьях Вилюя, датируемые концом ХIII — серединой ХVI вв. Эти памятники были оставлены пришлыми скотоводами и коневодами на Средней Лене, ставшими южными предками народа саха. 

Таким образом, Гоголевым удалось восполнить ранее неизвестный этап в истории Якутии. На этой основе исследователь создал стройную концепцию о происхождении и ранней этнической истории скотоводов Лены и о формировании их традиционной культуры. В отечественной этнологии он одним из первых выделил и обосновал так называемый «доэтнический этап» в формировании истоков любой этнокультуры. В частности, в этногенезе древних тюрков (VI-Х вв.) и, следовательно, в формировании тюркоязычных народов Евразии таким этапом у них стал период, охватывающий VII-III вв. до н.э., названный автором «скифо-сибирским».
Несомненным достижением исследований А.И.Гоголева в этом направлении является доказательство наличия древних алтае-индоевропейских истоков в культуре, языке современных тюркоязычных народов Сибири, и в том числе якутов. Эти материалы опубликованы в следующих его монографиях: «Якуты: проблемы этногенеза и формирования культуры» — Якутск, 1993; «Cultural History of Yakut (Sakha) People» — New York, 1992; «Этническая история народов Якутии (до начала ХХ в.)» — Якутск, 2004; «Этническая геномика якутов (народа саха). Генетические особенности и популяционная история» — М., 2009 (в соавторстве с Л.А. Тарским, Г.И. Ельчиновой и др.).
А.И.Гоголев изучает вопросы формирования традиционной культуры якутского народа. Выявленные базовые основы материальной культуры этноса, основанные на археологических материалах, обнародованы в монографии «Археологические памятники Якутии позднего средневековья (ХIV-ХVIIи вв.)» — Иркутск, 1990. А в книгах «Мифологический мир якутов. Божества и духи-покровители» — Якутск, 1994; «Традиционный календарь якутов» — Якутск, 1996; «Истоки мифологии и традиционный календарь якутов» — Якутск, 2002; «Якутское олонхо в контексте мифологии и эпической поэзии народов Евразии» — Якутск, 2012 (в соавторстве с А.А.Бурцевым), где также использован полевой этнографический материал, собранный Анатолием Игнатьевичем в 1970-1980 гг. у населения центральных, вилюйских районов и Верхоянья, основное внимание обращено на ранее не разработанные, самые древние духовно-мировоззренческие истоки предков якутов. Последние имели общие с индоевропейскими религиозно-мифологическими мотивами истоки, датируемые эпохой позднего степного бронзового и раннего железного веков Евразии (середина II-I тыс. до н. э.).
Вышеприведенные исследования А.И.Гоголева нашли прикладное применение в его монографиях, посвященных истории Якутии: «История Якутии (Обзор исторических событий до начала ХХ века)» — Якутск, 2000; «Якутия: век ХХ (1917-2000)» — Якутск, 2001; «История Якутии» — Якутск, 2005. Эти работы научно-популярного характера подготовлены на широком использовании тематической научной литературы. В них дается новая периодизация региональной истории Восточной Сибири: «Якутия в древности и эпоху средневековья», «Якутия на этапе перехода России к Новой истории (ХVIII — первая половина ХIХ в.)», «Якутия в период формирования индустриального общества в России (вторая половина ХIХ — начало ХХ в.), «Установление Советской власти в Якутии и гражданская война. Образование Якутской АССР (1918-1924 гг.)», «Якутия в годы НЭПа и форсированного строительства государственного социализма в СССР (1921-1941 гг.)», «Якутия в годы Великой Отечественной войны, в период послевоенного восстановления в десталинизации в СССР (1941-1964 гг.)», «Якутия в период нарастания кризисных явлений в советском обществе (1965-1985 гг.)», «Якутия на переломе веков (эпоха перестройки и формирования принципов интеграционной суверенизации)».
Итогом многолетних работ со студенческой аудиторией явилась монография профессора А.И.Гоголева «Вопросы периодизации всемирной и отечественной истории», вышедшая из печати в 2010 г. в Якутске. В ней, кроме рассмотрения проблем периодизации истории, дается обзор основных событий, характеризующих главное содержание каждого исторического периода всемирной и отечественной истории.
В целом доктором исторических наук, профессором А.И.Гоголевым опубликовано около 350 научных работ, изданных как в России, так и в Англии, Америке, Голландии, Южной Корее, Монголии. К числу учебных пособий для гуманитарных вузов относятся работы, предназначенные к раскрытию основной картины формирования народов Евразии: «Введение в этническую историю народов Азии (эпоха древности и средневековья)» — Якутск, 2008; «Введение в этническую историю народов Европы (древность и средневековье)» — Якутск, 2009.
Анатолий Игнатьевич является основателем научной школы в области этнической истории народов Северной Азии. Под его непосредственным руководством и научной консультацией подготовлено и защищено 18 кандидатских и три докторских диссертации. Его имя широко известно не только в отечественной, но и мировой этнографической науке. Он участник многих международных, всесоюзных, всероссийских и республиканских конференций и симпозиумов. В 1992 г. руководил работой VIII Международной конференции по шаманизму. В 2001 г. был научным руководителем Международной этнической экспедиции в Тибете. В 1992 г. Колумбийский университет в Нью-Йорке издал книгу «Культура народа саха (якутов)» на английском языке. Имя А.И.Гоголева дважды было названо в Международном американском справочнике «Кто есть кто в мире» (1997, 1998 гг.), а также в издании «Международный биографический справочник достижений. Кембридж, Англия, 1998». В 1997 г. А.И.Гоголев избран «Человеком года» биографическим институтом США и награжден памятной золотой медалью. В 2001 г. клуб «Русские интеллектуальные проекты» избрал его лауреатом Биографического справочника «Известные русские». С 1994 г. — действительный член Нью-Йоркской Академии наук и Гуманитарной академии Санкт-Петербурга, с 1996 г. — член Национального географического общества США. С 2009 г. — вице-президент Академии наук РС(Я). В 2006 г. Указом Президента России ему было присвоено звание «Заслуженный деятель науки Российской Федерации».
В настоящее время Анатолий Игнатьевич Гоголев, сочетая ответственные посты по руководству важнейшими исследованиями ученых гуманитарного направления Республики Саха и заведование кафедрой всемирной истории и этнологии СВФУ имени М.К.Аммосова по подготовке высококвалифицированных специалистов, вносит значительный вклад в развитие науки, образования и культуры на Севере-Востоке Азиатского континента.