Один из самых намоленных храмов столицы — во имя Пресвятой Богородицы — был освящен 240 лет назад. Его заложили в середине XVIII века рядом со старой деревянной церковью в южной части города «на конце посада за логом», вдоль дороги на Иркутск. Средства на строительство каменного храма пожертвовал купец 1-й гильдии Дмитрий Барабанов. Рядом располагалось кладбище, на котором в 1751 году была похоронена опальная графиня А.Г. Бестужева.
Обе церкви имели богатую утварь. Известно, например, что иконостас деревянной однопрестольной (Тихоновской, построенной в 1760 году) включал большую по размерам икону «Страшный суд».
В древнем своем виде Богородицкий храм представлял собой небольшое двухъярусное сооружение с кирпичным сводом и восьмигранным куполом. На нижнем квадратном ярусе стоял верхний — восьмигранный. Прием постановки «восьмерика на четверике» был характерен для московской архитектуры того времени и относился к стилю нарышкинского барокко.
Обращало на себя внимание декоративное убранство фасада. Особенно красивы были наличники окон нижнего яруса, украшенные великолепными килевидными кокошниками. Древние каменщики обладали высоким мастерством и выкладывали из кирпича не только стены и своды, но и мельчайшие детали каменных узоров, используя целый набор фигурных кирпичей. Предполагается, что храм был «сработан московскими мастерами в кирпичном стиле» и первоначально не покрывался штукатуркой.
Долгое время он не отапливался. Зимние богослужения проводились в деревянной церкви. В 1862 году по поручению архиепископа Иннокентия(Вениаминова) Богородицкую церковь реконструировали, чтобы увеличить ее площадь. С западной стороны к зданию пристроили довольно узкую трапезную часть с северным и южным приделами, внутреннее пространство которых соединялось широкими арочными проемами. Завершала композицию массивная трехъярусная колокольня с высоким шпилем.
Декор фасадов пристроенной части отличался лаконизмом и едва заметной пластикой. Украшения новых стен делались из обычного кирпича. Местные мастера подтесывали его во время строительства, чтобы слегка обозначить детали. Декоративные элементы выступали над плоскостью лишь на десять сантиметров и давали легкую светотень. Законченный вид здание приобрело лишь при помощи штукатурки на завершающем этапе отделки фасадов. Перестройку осуществили на средства купцов А.И.Чепаловой, М.Максимова, Г.Павлова и прихожан.
В состав причта входили протоиерей, священник, диакон и псаломщик.
В октябре 1899 г. при церкви была открыта церковно-приходская школа.
В 1909 г. прихожанами церкви были 193 человека, проживавшие в г. Якутске, и крестьяне Ново-Николаевского селения Павловской волости.
Во время осады Якутска белогвардейскими частями в 1922 году деревянная Богородицкая церковь была разрушена горожанами и употреблена на топливо. В здании каменного храма в годы советской власти разместились сначала лаборатория по испытанию строительных материалов Наркомместпрома, геологические фонды и постоянная геологическая выставка-музей.
…Якутской епархии Богородицкий храм передали лишь в 1997 году, но реставрация началась только после 2004 года, когда ИКФИА освободил церковное здание. В декабре 2009 года в одном из боковых приделов состоялось первое богослужение, а через год внешний облик храма был практически восстановлен. Правда, внутренние работы до сих пор еще не окончены. В центральном приделе планируется установить уцелевший иконостас одной из уничтоженных старых церквей, отреставрированный в художественных мастерских Центральной России.