«ЖДЯ», начиная с 2007 года, провели модернизацию тепловозного парка с использованием дизельных двигателей 7FDL. Это позволило значительно уменьшить выбросы отработанных газов дизеля (35–50%), фактически исключить утечку масла, что помогает справляться с проблемами проникновения нефтепродуктов в почву в зонах парковки локомотивов и повторно использовать моторное масло в маневровых тепловозах.
Несмотря на то, что железнодорожный транспорт из всех видов транспорта оказывает наименьшее негативное воздействие на природную среду, его доля в загрязнении остается достаточно высокой. Основное негативное влияние на окружающую среду в виде выбросов загрязняющих веществ оказывают магистральные и маневровые тепловозы (на сегодня парк тепловозов составляет более 40 единиц), которые в процессе эксплуатации выделяют сажу, оксиды азота и оксид углерода.
Компания начала газификацию части объектов на своей инфраструктуре. Так, на раздельном пункте Чульбасс Нерюнгринского района функционирует энергоцентр по выработке электрической и тепловой энергии. В перспективе планируется газификация объектов на станциях Алдан, Нерюнгри-Грузовая и Нижний Бестях. В настоящее время на узлах Нерюнгри-Грузовая, Алдан, Томмот часть автомобильного транспорта также переведена на газ.