В 2012 году авиакомпания «Якутия» получила в эксплуатацию два самолета Sukhoi Superjet 100. За время эксплуатации в компании они перевезли свыше 244 тысяч пассажиров по внутренним и международным маршрутам, выполнили свыше 4900 рейсов продолжительностью более 12 тысяч часов. Сегодня, после трёх лет эксплуатации, самолеты авиа-компании «Якутия» имеют самый большой налёт из всего мирового парка этих машин.