Под строительство отведен земельный участок площадью около тридцати тысяч квадратных метров в 150‑м квартале столицы. Отвод границ земельного участка согласован со всеми инфраструктурными предприятиями Якутска.
Центр рассчитан на 130 коек, в том числе девяносто акушерских и сорок коек патологии новорожденных и недоношенных детей. В структуре предусмотрены основные подразделения: консультативно-диагностический центр, акушерский стационар, педиатрический стационар.
Всего по Программе развития перинатальных центров, утвержденной правительством РФ, в 2013–2016 годах предусмотрено строительство 32 перинатальных центров в 30 регионах страны.